Dahulu Desa Pagutan merupakan wilayah yang berupa pedukuhan yang terdiri dari beberapa keluarga yang lama kelamaan menjadi berkembang dan terus berkembang menjadi besar, penduduknya mulai menyebar ke wilayah – wilayah sekitar pedukuhan dan mengakui daerah yang ditempatinya masuk wilayah pedukuhan Pagutan. Kata Pagutan sendiri tidak ada yang mengetahui dari siapa dan artinya apa. Tapi ada yang mengatakan bahwa kata Pagutan berasa dari kata “Pagut “ yang berarti bayi yang berumur 8 minggu sudah bisa di ajak keluar rumah. Dalam hal ini kami mengambil kesimpulan bahwa kata Pagutan memiliki makna daerah yang sudah siap untuk menyelenggarakan pemerintahan sendiri.

Berdasarkan data desa yang ada secara resmi pemerintahan desa dipimpin oleh seorang Kepala Desa pertama yang bernama “KASANAMAT”  dari tahun 1908 – 1911. Kami berpendapat bahwa berdirinya Desa Pagutan pada tahun 1908. Dari tahun 1908 sampai dengan sekarang yang menjadi Kepala Desa Pagutan berjumlah 8 orang, dengan rincian sebagai berikut :

Tahun 1908 – 1911          Kasanamat

Tahun 1911 – 1955          Isman

Tahun 1955 –  1967         Marwan

Tahun 1967 – 1979          Romli

Tahun 1979 – 1989          Tukiyat

Tahun 1989 – 2007          Nur Tjahjono

Tahun 2007 – 2007          Nur Rachman

Tahun 2007 – 2014           Subiyakto

Tahun 2014 – Sekarang    Supriyono

 

Demikian sekilas dari sejarahnya berdirinya Desa Pagutan ada kurang dan lebinya kami atau kesalahan dalam penulisan kami mohon maaf yang sebesar – besarnya